得到口袋妖怪火红蓝宝石的核心流程是先完成一周目主线、收集60种宝可梦解开图鉴更新，再前往七之岛完成红宝石和蓝宝石的寻找任务，最终解开跨版本通讯和隐藏内容。玩家需先推进主线剧情，依次挑战八个道馆，击败火箭队并战胜四天王和冠军，完成一周目通关。通关后需确保图鉴收录至少60种宝可梦，回到真新镇和博士对话完成图鉴更新，获取前往七之岛的资格。从枯叶市码头乘船抵达第一岛，和网络中心研究员对话接取寻找宝石的任务，正式开始二周目核心流程。

寻找红宝石需从第一岛出发，经火照山道前往灯火山，途中在灯火温泉和NPC对话获取秘传进修器06碎岩，用于破除道路障碍。灯火山内部可遭遇火焰鸟，击败山脚火箭队成员后进入洞穴即可找到红宝石，将其交还给第一岛研究员后，会获取七彩通行船券，解开更多岛屿寻觅权限。后续前往第四岛，在冻瀑洞窟内获取秘传进修器07攀瀑，登上瀑布后和四天王科拿联手对抗火箭队，推进剧情并获取决定因素线索，为寻找蓝宝石做好准备。

寻找蓝宝石需前往第六岛，通过水之步道、绿之步道抵达标志之林，再进入点之穴，运用居合劈技能打开入口。在洞穴最底层找到蓝宝石时，会被火箭队研究员抢走并获取仓库密码，随后返回第五岛，用密码进入火箭队仓库，击败内部全部敌人和研究员后夺回蓝宝石。将蓝宝石交回第一岛研究员，即可完成全部宝石任务，解开和其他版本的通讯功能，同时开始华蓝洞入口，为挑战超梦创新条件。

完成宝石任务后，玩家可深入寻觅隐藏方法，华蓝洞内可挑战传说宝可梦超梦，需携带具备碎岩、冲浪、攀瀑等技能的宝可梦应对复杂地形。七之岛各区域还分布着稀有宝可梦和训练家，可通过对战提高队伍实力，收集进化道具和技能机器。完成任务后可和其他版本进行宝可梦交换，丰盛图鉴收录，还能挑战隐藏训练家和独特对战场景，综合提高游戏尝试。